A Lei 10.861 instituiu a constituição de uma Comissão Própria de Avaliação (CPA), que tem como funções principais aprovar as políticas e as diretrizes para a auto-avaliação da instituição, sistematizar e coordenar os processos de avaliação interna, prestar as informações solicitadas pelo MEC/Inep e Conaes.

Na Funcec, essa Comissão é composta por representantes de todos os segmentos da comunidade acadêmica.

Representantes do Corpo Docente:
Profª. Gardênia Staell Andrade (Presidente)
Profª Nícia Helena Leite

Representantes do Corpo Discente:
Mônica Martins Peixoto Bastos - Acadêmica de Administração
Delmar Luís Duarte - Acadêmico de Ciências Contábeis

Representantes do Corpo Técnico-Administrativo:
Marcio Soares Egídio
Simone Aparecida de Oliveira Silva

Representantes da Sociedade Civil Organizada:
Silvânio Cícero Rôla
Alvim Fernando Soares