Desde da estruturação dos JA-FUNCEC em 2004, foi criada uma Comissão Organizadora e Disciplinar-COD que trata das questões relativas a Disciplina e Organização dos Jogos Acadêmicos durante toda a competição.

A finalidade da COD é julgar os casos de “Indisciplina” e/ou casos omissos com

rigorosa nas decisões que só por ela determinada e constituída não cabe nenhuma forma de recurso superior.

Esta COD é formada e nomeada a cada ano pelo diretor geral do IES e é assim constituída para o Ano de 2006:
- Diretor Geral do IES/ou Indicação por ele: Dr. Alessandro Moreira
- Diretor do Centec/ou Indicado por ela: Sra. Yolanda Vilaméia
- Diretor dos Cursos Técnicos: Prof. Rodrigo Sávio
- Coordenador dos Cursos Técnicos: Prof. Paulo Gomes
- Coordenador da APM – Prof. Ricardo Torres
- Coordenadora de Extensão Universitária – Profª Eliane de Souza
- Coordenador Geral e Arbitragens: Prof. Charles Aguiar
- Representantes dos Funcionários: Prof. Mário Lúcio Correia
- Representantes dos Alunos: Wellington Ventura – 3º Adm